Το Γενικό Λύκειο Πεύκων λειτούργησε για πρώτη φορά τον Σεπτέμβριο του 2002, με διευθυντή τον φιλόλογο κ. Κων/νο Αγγελάκη ο οποίος ανέλαβε την οργάνωση του νεοϊδρυθέντος σχολείου και με δύο μόλις οργανικές θέσεις καθηγητών, τις οποίες κάλυψαν η χημικός κ. Πασχαλίνα Γιαννούση και ο φιλόλογος κ. Κώστας Πατσικουρίδης. Αρχικά στεγάστηκε στο κτήριο που η περιοχή το γνωρίζει ως «Κτήριο Καλογραιών», επειδή είχε λειτουργήσει στο μακρινό παρελθόν ως κοιτώνας μοναχών που υπηρετούσαν στο Ελληνογαλλικό Κολλέγιο Δελασάλ. Φοίτησαν εκεί σε υποτυπώδεις συνθήκες 31 μαθητές Α΄ Λυκείου έως τον Φεβρουάριο του 2003, οπότε μεταστεγάστηκαν σε ένα μικρό κτήριο 3 αιθουσών το οποίο προοριζόταν αρχικά για Νηπιαγωγείο. O μαθητικός πληθυσμός του Λυκείου αυξανόταν με την πάροδο των ετών με ρυθμούς ραγδαίους, ανάλογους με αυτούς της πληθυσμιακής αύξησης της περιοχής στην δεκαετία του 2000.
Το Νοέμβριο του 2007, οπότε και ανέλαβε την διεύθυνση του Λυκείου η φυσιoγνώστρια κ. Κωνσταντίνα Σαρανταυγά φοιτούσαν ήδη σ΄αυτό 310 μαθητές. Το Σχολείο αντιμετώπισε οξύτατο κτηριακό πρόβλημα για πολλά χρόνια, συνωστίζοντας τους μαθητές και τους καθηγητές του σε προκατασκευασμένους μεταφερόμενους οικίσκους. Οι κινητοποιήσεις των μαθητών και οι ενέργειες του Συλλόγου Γονέων σε συνδυασμό με τα συνεχή υπομνήματα του Σχολείου οδήγησαν επιτέλους στις 30/12/2008 στην δημοπράτηση της ανέγερσης νέου διδακτηρίου από τον Οργανισμό Σχολικών Κτηρίων (προυπολογισμού 4.640.000 ευρώ).
Έτσι, τον Σεπτέμβριο του 2011 (με μαθητικό πληθυσμό πλέον 420 παιδιών και με 45 υπηρετούντες καθηγητές) και με διευθυντή τον κ. Κωνσταντίνο Αγγελάκη που επανήλθε στη διεύθυνση του σχολείου, το Λύκειο μεταστεγάστηκε στο νέο του κτήριο, και παρόλο που το διδακτήριο οργανώθηκε από τη διεύθυνση στη νέα του βάση και πάλι αδυνατούσε να καλύψει τις αυξημένες ανάγκες που στο μεταξύ είχαν γεννηθεί, με αποτέλεσμα να χρειαστεί η ανέγερση -με δαπάνη του Δήμου Νεάπολης-Συκεών-και ενός ακόμη κτηρίου που ολοκληρώθηκε τον Ιανουάριο του 2014.
Βαδίζοντας ήδη στον 14ο χρόνο της λειτουργίας του, το Γενικό Λύκειο Πεύκων αναπτύσσεται ποιοτικά με οδηγό την αντίληψη ότι η σχολική ζωή δεν περιορίζεται στους τοίχους των σχολικών κτηρίων. Έχει σταθερά υψηλότατο ποσοστό επιτυχόντων στις εξετάσεις για την Τριτοβάθμια Εκπαίδευση, ενώ παράλληλα έχει καταθέσει μια πλούσια εμπειρία σε δράσεις εκπαιδευτικές και πολιτιστικές που συμπληρώνουν το υποχρεωτικό ωρολόγιο πρόγραμμα, αξιοποιώντας τα αυξημένα προσόντα και τον ζήλο του προσωπικού του, αλλά πάνω απ’όλα την διάθεση των μαθητών του, πολλοί από τους οποίους έχουν διακριθεί σε πανελλήνιους και σε πανευρωπαϊκούς μαθητικούς διαγωνισμούς. Έως τον Ιούνιο του 2015 έχουν αποφοιτήσει από αυτό 1.091 μαθητές και μαθήτριες, πολλοί από τους οποίους έχουν ήδη χαράξει μια φιλόδοξη επαγγελματική πορεία.
Aπό τον Ιούλιο του 2015 έως τον Ιούλιο του 2017 διευθυντής του Λυκείου Πεύκων ήταν ο μαθηματικός κ. Γεώργιος Τσίτσος.
Από το 2017-2023, στη θέση του διευθυντή ήταν ο Οικονομολόγος κ.Θεόδωρος Ιωαννίδης.
Από το 2023, τη θέση του διευθυντή κατέχει ο Φυσικός κ.Αριστείδης Εμμανουηλίδης.